三周目通常作为通关后的扩展内容，部分版本确实会引入新形态精灵或特殊剧情。以口袋妖怪漆黑的魅影为例，三周目会解锁梦世界地图，玩家可在梦源镇最下方的房屋内睡觉进入，捕捉Lv.50克雷赛利亚等稀有精灵。红莲之窟的隐藏洞口也会开启，内部可捕获Lv.30维库提尼。这些精灵虽非全新形态，但属于原版游戏中较难获取的传说宝可梦，需通过特定条件触发。
部分改版如口袋妖怪白金光在三周目设计了神兽激活机制。玩家需击败特定NPC如大吾、渡等，获得通行证后解锁神兽捕捉任务。例如御龙市蒸汽团基地可捕捉Lv.50超梦，斑斓市湖边则能收服Lv.40梦幻。此类设计并非直接创造新形态，而是通过剧情重组将分散的神兽集中到三周目阶段，提升收集完成度。神奥地区的道馆战采用6选3模式，强制等级平衡机制增加了策略性。
口袋妖怪究极绿宝石的三周目则强化了石板收集玩法。玩家需集齐17块石板如龙之石板、恶颜石板等，才能在天冠山顶部开启时空裂缝捕捉阿尔宙斯。该版本还新增了神柱王雷吉奇卡斯的唤醒任务，需在雪峰市切峰神殿完成特定路径行走。此类设计通过环境交互与道具联动，赋予三周目更复杂的探索层次。
关于新形态的争议点在于，多数改版仅调整精灵分布或数值，而非创造独立形态。但口袋妖怪液体水晶等版本在三周目加入原创剧情线，如白银山巅峰之战与岱柑岛新地图，间接扩展了精灵的战术组合可能性。玩家需注意汉化版可能存在BUG，例如热气球无法抵达遗迹时需切换英文版存档解决。
三周目版本的新形态更多体现在玩法重构而非精灵设计。玩家应优先完成二周目隐藏任务，如对战开拓区银象征收集或船票获取，这些往往是解锁三周目内容的前置条件。精灵培养方面，建议配置顺风、Z招式等战术技能以应对高难度战斗，同时利用瞬间移动等便利技能提升探索效率。
