少年三国志2中的吴国剧情线以江东孙氏家族的崛起为核心，通过游戏关卡和武将列传系统性地展现了从孙坚创业到孙权称帝的完整历史脉络。游戏对赤壁之战、夷陵之战等关键战役进行了重点刻画，同时穿插了周瑜、鲁肃等核心谋士的战略决策过程，以及太史慈、甘宁等将领的军事贡献。剧情设计严格遵循三国志正史框架，但在战斗演出和人物对话中加入了符合游戏性的合理演绎。
吴国剧情始于孙坚参与讨董联盟的篇章，通过虎牢关战役展现了其江东猛虎的军事才能。孙策继承父业后，游戏以收复江东六郡为主线，详细呈现了其收服太史慈、周泰等将领的过程。孙策遇刺后，孙权接掌江东的过渡期被设计为重要的战略转折点，剧情着重描写了张昭、周瑜如何辅佐年轻主公平定内乱。游戏通过鲁肃提出榻上策的剧情动画，清晰勾勒出吴国据江东，观天下之衅的长期发展战略。
赤壁之战作为吴国剧情的最高潮，游戏采用多视角叙事完整还原了战前辩论、联军组建到火攻破敌的全过程。周瑜与诸葛亮的战略配合、黄盖的苦肉计等经典桥段均通过即时演算动画呈现。后续荆州争夺战剧情中，游戏通过吕蒙白衣渡江的潜入关卡设计，让玩家亲身参与夺取荆州的军事行动。夷陵之战则重点表现陆逊作为年轻将领如何以火攻战术击败刘备复仇大军，这段剧情通过战场地形变化和季节更替突出火烧连营的战术精妙。
吴国后期剧情聚焦于孙权称帝与三国鼎立格局的巩固，通过石亭之战、合肥之战等战役展现其军事防御体系。游戏特别设计了开发江南的内政玩法，反映吴国在农业、造船方面的历史成就。最后阶段剧情以陆逊、诸葛瑾等重臣的晚年作为收束，通过人物回忆形式回顾吴国从割据到立国的完整历程。所有历史事件均保持与陈寿三国志记载的高度一致性，仅在人物互动细节上适当补充以增强叙事连贯性。
