技能学习机（TMs）和隐藏机器（HMs）是让怪兽学习新技能的主要途径。技能学习机可以无限次使用，而隐藏机器则具有永久效果，学会后无法遗忘除非使用特定道具。游戏中共有50种技能学习机和5种隐藏机器，分布在关都地区各个角落，部分需要通过击败道馆馆主或完成特定剧情获得。怪兽学习技能时需注意属性匹配度，某些技能只有特定属性的怪兽才能习得，技能栏最多容纳四个技能，新技能会覆盖旧技能。
野生怪兽分布图能帮助玩家高效寻找特定技能的携带者。不同地区出现的野生怪兽携带技能存在差异，例如常磐森林的皮卡丘可能携带电击技能，月见山的皮皮可能掌握连环巴掌。通过反复遭遇特定野生怪兽，可以观察其技能使用方式并记录学习可能性。技能遗忘老人位于浅红市的怪兽中心附近，支付一定费用即可让怪兽遗忘已学会的技能，为学习新技能腾出空间。
道馆挑战是获取高级技能的重要途径。每个道馆馆主被击败后都会赠送专属技能学习机，如尼比市小刚赠送的岩石封锁和华蓝市小霞赠送的水之波动。这些技能往往具有较高威力和属性加成，合理分配给对应属性的怪兽能显著提升战斗效率。隐藏机器通常由关键NPC赠送，如圣安奴号船长给予的居合斩和紫苑镇富士老人赠送的怪兽笛。
技能搭配需要考虑战斗策略和怪兽特性。攻击型技能应平衡威力和命中率，辅助型技能如催眠粉、电磁波等能创造战术优势。某些技能组合能产生连锁效果，例如先使用剑舞提升攻击力再施展高威力物理攻击。技能学习存在等级限制，部分强力技能需要怪兽达到一定等级才能领悟，通过战斗积累经验值是解锁这些技能的前提条件。
游戏后期可通过交换获得特殊技能怪兽。某些技能只能通过怪兽交换习得，如通信进化的胡地可能携带精神强念。彩虹游戏中心的技能教学者能用游戏代币教授稀有技能，需要提前积累足够代币。七之岛的特殊剧情会解锁隐藏教学点，那里可以学习到一般途径无法获得的终极技能。
技能管理系统是队伍强化的核心环节。定期检查怪兽技能栏，淘汰低效技能，保留属性加成高的技能。技能遗忘老人处可随时调整技能配置，应对不同道馆挑战。通过合理分配技能学习资源和优化技能组合，能够培养出适应各种战斗环境的强力怪兽队伍。
