开启二周目的关键条件是完成一周目主线剧情并击败四天王及冠军，同时需确保图鉴收集数量达到60种以上。满足这些条件后，玩家会从自家门口重新开始冒险，大木博士会主动出现并升级图鉴至全国模式。需若图鉴未达标则无法触发后续剧情，建议在一周目阶段优先完成基础收集。
二周目剧情主要围绕七岛展开，玩家需从枯叶市乘船前往一岛。在一岛的精灵中心与NPC对话后，会得知修复通信机器需要红蓝宝石。前往灯火山右侧洞穴击败火箭队残党并取得红宝石，将其交给精灵中心NPC可获得彩虹通行证，解锁七岛之间的航行权限。此阶段建议提前准备高等级水系或岩石系宝可梦应对灯火山的火系敌人。
后续需依次完成四岛、五岛和六岛的任务线。在四岛协助科拿击败火箭队后，前往五岛火箭队仓库输入密码取回蓝宝石。六岛的标记森林和变化洞穴藏有特殊道具，但需注意洞穴内的机关需按特定顺序触发。蓝宝石最终需交回一岛NPC以完全修复通信系统，可解锁与宝石版游戏的联动功能。
二周目核心内容还包括捕捉三神鸟与超梦。火焰鸟位于灯火山顶层，闪电鸟在无人发电厂深处，急冻鸟需通过双子岛的推石谜题抵达。超梦则需在取得全国图鉴后前往华蓝洞窟，队伍建议配备70级以上的主力。完成全部神兽捕获和岛屿任务后，二周目剧情基本结束，玩家可继续挑战训练师塔或完善图鉴收集。
整个流程对队伍配置和道具管理要求较高，建议随身携带足够的状态恢复药剂和技能机。部分区域如不归洞穴存在隐藏道具，使用探测器能提高探索效率。二周目敌人等级显著提升，合理搭配属性克制和技能组合是顺利推进的关键。
