影之刃3的主线关卡分布在地图的五大章节中，每个章节包含一系列连续推进的副本。玩家需要按照1-1、1-2的顺序依次通关，若遇到卡关情况，可通过重复刷取前期关卡提升等级和装备后再继续推进。主线任务没有明确的线性指引，而是通过地图上的蓝色剑术图标标记任务位置，随着当前任务完成会逐步解锁后续关卡。
主线关卡解锁存在难度递进机制，必须完成前一关卡的所有难度挑战才能开启后续高难度内容。例如红叶寺区域需通关高手难度的全部前置副本，才能挑战最终的高难度关卡。这种设计要求玩家系统性地完成每个章节的关卡，避免跳过基础难度直接挑战高阶内容。游戏中的昼夜空间、医馆遗址等特殊副本也需要通过主线或支线获取钥匙道具才能进入。
主线任务与江湖失意、食指邀请等核心剧情紧密关联。食指邀请任务需要角色达到30级并完成特定前置任务后，通过与NPC对话触发。江湖失意主线则贯穿整个游戏进程，在地图上广泛分布着任务点，需要玩家跟随蓝色图标指引逐步解锁。部分主线如重塑虚空需要账号内已有角色达到60级才会开放，这类高阶内容通常关联着新角色解锁或重要剧情推进。
巨石背后等隐藏主线关卡需要完成残酷美学等前置任务，在银顶洗冤雪、坠星原蚀日莽原等指定地点击败改造人后才能解锁。这类特殊主线往往需要玩家仔细阅读任务描述，明确目标地点和完成条件。游戏中的技法空间副本位于昼夜空间内，呈球形漩涡图标状，这类特殊主线副本通常承载着心法进阶等关键成长系统。
主线推进过程中会自然解锁工匠锻造、刻印等系统功能，但部分玩家可能因忽略支线导致功能未开放。虽然支线任务可以不做，但建议新玩家在推主线时兼顾相关支线，避免后期重复补做。游戏采用群像剧式叙事，主线剧情分散在各地图中，需要玩家主动探索和拼凑完整故事线，这种设计增加了游戏世界的沉浸感和探索乐趣。
体力系统影响着主线推进效率，每日5点重置的设定需要玩家合理安排游戏时间。通过完成日常任务、活动奖励和好友赠送等途径获取额外体力，可以更流畅地体验主线内容。对于卡关情况，优先考虑装备强化、技能搭配优化等成长方向，而非单纯依赖等级提升。游戏中的副本掉落和敌人配置采用随机生成机制，使得每次主线挑战都可能遇到不同的战斗体验。
