口袋妖怪火红中，山洞化石主要在月见山深层获取，击败研究员后二选一，另可在华蓝洞窟刷取，最终都能在红莲岛研究所复活为远古宝可梦。
月见山是主线必经山洞，位于尼比市右侧3号路尽头，穿过山洞可抵达华蓝市。进入月见山后，沿右侧主路深入地下二层，一路清理野生宝可梦与训练师，避开左侧分支的资源点，直达化石所在房间。房间内有一名研究员守护着两块化石，对话后触发对战，击败他即可选择其中一块：左侧甲壳化石（复活化石盔）、右侧贝壳化石（复活菊石兽），选定后另一块永久消失，无法再次获取。
除月见山外，华蓝市左上角的华蓝洞窟也能刷取山洞化石。洞窟内楼梯密集，二层区域是化石主要掉落点，可反复探索拾取道具，有概率开出甲壳化石、贝壳化石，甚至神秘琥珀。建议在洞窟入口存档，反复进出刷新道具，提高化石获取效率，同时还能捡到高级球、蔓莓果等实用道具。
拿到化石后需前往红莲岛宝可梦研究所复活。研究所位于红莲岛右侧建筑，进入后前往最右侧测试室，与角落的科学家对话提交化石。提交后需走出研究所再重新进入，再次对话即可领取复活后的宝可梦：甲壳化石对应化石盔，贝壳化石对应菊石兽，神秘琥珀对应化石翼龙。注意队伍必须预留空位，否则无法接收复活宝可梦。
化石宝可梦实力强劲，化石盔进化后为镰刀盔，物攻与速度突出，适合物理输出；菊石兽进化后为多刺菊石兽，特攻与防御优秀，偏向特殊消耗；化石翼龙速度与物攻顶尖，是强力速攻手。获取化石后可搭配对应努力值与招式，打造核心战力，丰富队伍阵容。
